در طول سه دهه مدیریت حجت الاسلام و المسلمین علی اکبر الهی خراسانی در بنیاد پژوهش های اسلامی آستان قدس رضوی ، ده ها اثر گرانسنگ علمی تحت اشراف ایشان چاپ و منتشر شد. ، او همچنین از محضر آیت الله العظمی سید عبدالله شیرازی و حضرات آیات میرزا علی آقا فلسفی ،میرزا جواد آقا تهرانی، کسب فیض کرده بود.
مرتضی نجفی قدسی؛ فعال فرهنگی در پی درگذشت مرحوم الهى خراسانى در یادداشتی به تبیین فعالیتهای این محقق گرانسنگ پرداخته است که متن آن به شرح زیر است
بسم الله الرحمن الرحیم
والذين آمنوا و عملوالصالحات فى روضات الجنات
مرا در منزل جانان چه امن عيش/ چون هردم جرس فرياد میدارد كه بر بنديد محملها
ضايعه درگذشت استاد علىاكبر الهى خراسانى مؤسس بنياد پژوهشهاى آستان قدس رضوى و احياگر دهها كتب مرجع در علوم و معارف اهل بيت(عليهم السلام) بسيار اندوهگين است. او با كوله بارى سنگين از حسنات به درگاه الهى بار يافت، تلاش چندين دهه او در حفظ و احياء آثار بزرگان تشيع بر اهل معرفت پوشيده نيست.
بزرگمردى كه فقط سى سال در محضر بزرگان حوزه علمیه مشهد حضرات آقایان : محمد هادی میلانی ، سید عبدالله شیرازی ، وحید خراسانی ، شیخ هاشم و شیخ مجتبی قزوینی ، سید ابراهیم علم الهدی ، میرزا علی آقای فلسفی ، شیخ حسنعلی مروارید ، میرزا جواد آقای تهرانی ، شهید هاشمی نژاد ، محمد واعظ زاده خراسانی ، ادیب نیشابوری و سید جعفر سیدان کسب فیض كرد.
از مهمترين آثار علمى مرحوم الهى خراسانى، «تصحيح سفينه البحار» شیخ عباس قمی و انتشار آن در يك مجموعه 4 جلدى كه به عنوان كتاب سال هم برگزيده شد، تصحيح و تحقيق كتاب «الدروس الشرعيه شهيد ثانى» هم توسط ايشان انجام شد.
البته در دوره مديريتشان در بنياد پژوهشهاى آستان قدس رضوى دهها اثر گرانسنگ علمى چاپ و منتشر شد كه تصحيح تفسير «روض الجنان» شيخ ابوالفتوح رازى، مفسر قرن ششم هجرى قمرى، ترجمه تفسير «جوامع الجامع» طبرسى، ترجمه تأويل «مشكل القرآن» ابن قتيبه دينوری، تفسير «آيههاى متشابه در قرآن» از ابن شهرآشوب مازندرانى، امام مهدى(عج) در سخنان امام رضا(ع) از آیتالله سيد محمدباقر موحد ابطحى، «نصوص فى علوم القرآن»، «فرهنگ اصطلاحات وقف»، «دائره المعارف آستان قدس رضوى» و دهها كتب ارزشمند در معرفى شخصيت امام رضا(ع) و انتشار آنها به بيش از ده زبان زنده دنيا از جمله آنهاست.
اينجانب، از دهه ٧٠ با اين اين مرد بزرگ ارتباط و آشنايى داشتم و هرگاه مشهد مشرف مىشدم ديدار و زيارت ايشان برايم مغتنم بود، البته در سالهاى اخير دچار كسالتهاى متعددى شد و جامعه حوزوى و علمى و بنياد پژوهشها از فيض وجودش محروم بودند اما او تا توان داشت حقا به مكتب اهل بيت(عليهم السلام) خدمت كرد.
اميد است آستان قدس رضوى زحمات ارزشمند اين مرد بزرگ را پاس بدارد و ياد و نامش را هميشه زنده نگهدارد، عاش سعيدا و مات سعيدا
مرتضی نجفی قدسی
شدت علاقه مرحوم آیتالله سیدمحمدعلی شیرازی به شیعیان در اقصی نقاط جهان به حدی بود که گویا پارههای تن خودش هستند و لذا وقتی شیخ حسن شحاته، رهبر شیعیان مصر با آن وضع ناجوانمردانه به دست سلفیها در مصر به شهادت رسید و پیکر بی جانش را بر سنگفرش خیابانها کشاندند، علاوه بر بیانیه بسیار مهمی در محکومیت این جنایت، تصویر این شهید را تا پایان عمر بر بالای سر خود قرار داد و بارها اشکش بر این مصیبت جاری شد. به مناسبت فرا رسیدن ۲۹ آذر ماه اولین سالگرد ارتحال عالم ربانی مرحوم آیتالله سیدمحمدعلی شیرازی، مرتضی نجفی قدسی در یادداشتی به پاسداشت این عالم برجسته پرداخته است.